목  차

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Ⅰ. 서론	1

Ⅱ. 법인세제와 조세지원제도 현황	3

1. 법인세제 현황	3

2. 조세지원제도 현황	8

Ⅲ. 제도 합리화 방안	13

1. 연구인력개발비 세액공제	13

2. 연구인력개발 설비투자 세액공제	16

3. 이월결손금 공제제도 개선	18

4. 법인전환 개인사업자에 대한 성실신고확인제 적용	21

참고문헌	25

표 목 차

<표 1> 법인세율 변화(귀속소득 기준)	3

<표 2> 법인세수의 변화	5

<표 3> 국세감면의 수혜대상별 분포	9

<표 4> 법인세 세액공제 및 감면의 구성(2013)	10

<표 5> 주요 조세지출 항목	11

<표 6> 연구인력개발비 세액공제제도	13

<표 7> 연구인력개발 설비투자 세액공제제도	16

<표 8> 결손금 발생액 및 공제액 추이	18

<표 9> 성실신고확인제도 적용현황	21

<표 10> 성실신고확인 대상자의 소득률 변화	22

그 림 목 차

[그림 1] 2014년 OECD 국가들의 법인세 최고세율 비교	4

[그림 2] 법인세수 추이	4

[그림 3] 법인세수의 국제비교	6

[그림 4] 법인세 공제감면 규모 변화	7

[그림 5] 법인 자산규모별 공제감면액 비율(2013)	7

[그림 6] 소득형태/소득수준에 따른 세부담률(사회보험료 포함)	23

기업과세 및 투자지원 제도 합리화 방안

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전병목(KDI국제정책대학원)

Ⅰ. 서론

□ 고령화와 복지수요 증가에 따른 재정부담은 먼저 비과세․감면 축소와 재정지출 효율화를 통해 대응하고 중기적으로는 조세개혁추진위원회 등 사회적 공론화를 통한 세입증가를 꾀한다는 것이 박근혜 정부의 정책방향

○ 박근혜 정부의 140대 국정과제 중 “40. 안정적 세입기반 확충”과  “41. 건전재정 기조 정착”의 정책방향

○ 비과세․감면 축소는 안정적 세입기반 확충, 재정지출 효율화(예산낭비 최소화 포함)는 건전재정 기조 정착의 주요 정책과제

□ 조세부과의 형평성을 개선하고 정부지출의 효율성을 높임으로써 정부 재정의 신뢰성이 높이는 것에 우선순위를 두고 있음

○ 이를 통해 향후 세입증가에 대한 납세자들의 수용성을 높이고자 하는 바람직한 정책방향

○ 다만 그 추진속도에 대해서는 다양한 의견이 존재

□ 이에 따라 박근혜 정부는 출범과 함께 비과세․감면 정비에 노력하여 일정한 성과를 거두었으며 조세제도의 효율성과 형평성 개선에 기여

○ 2012년부터 비과세․감면제도의 숫자가 순감소로 전환

- 신설된 비과세․감면제도 숫자에서 일몰종료된 제도 숫자를 뺀 순증가규모는 △19(2012), △6(2013), △1(2014)임(전병목, 2014)

○ 특히 2014년에는 각종 소득세 공제제도가 세액공제로 전환되면서 세부담의 형평성 개선에 노력

- 소득세 이외 분야의 감면제도 개선노력도 필요

□ 제도적 장치를 통해 납세자의 납세순응도를 높이는 것도 중요 정책과제

○ 납세순응도 제고는 세율인상 등이 쉽지 않은 상황에서 세입을 늘릴 수 있는 유력한 대안 중 하나

○ 현 정부 출범시 지하경제 축소가 중요한 정책과제로 제시되었으나 구체적인 정책 뒷받침은 크지 않았음

- 납세순응도를 높일 수 있는 정책방안 마련도 필요

□ 한편 법인과세는 세입관점에서 개인소득세에 대한 보완적 과세제도로 기능하면서 경제성장에 큰 영향을 미치는 세목으로서 효율적 제도운영이 중요

○ 만약 개인별 소득(즉 부담능력)을 정확히 파악할 수 있다면 기업에 대한 과세는 필요하지 않음

- 그러나 현실에서는 사내 유보, 배당의 시차 등으로 인해 법인소득에 대한 개인 귀속을 정확히 파악하기 어렵기 때문에 중간단계인 법인에서 과세함으로써 소득세에 대한 보완적 기능을 수행

○ 법인세는 법인의 세후수익률을 변화시켜 중요 성장요소인 투자 등에 큰 영향을 미치므로 정책 개선노력이 중요

□ 법인세 제도의 효율성을 제고하면서 국가재정의 부담을 완화할 수 있는  정책대안을 모색할 필요

○ 재원확보에 기여하고 법인세제 운용의 효율성을 높이기 위해서는 비과세․감면에 대한 필요성과 효과성에 대한 재점검이 중요

- 비과세․감면이 유의미한 역할을 하는 경우는 외부성 등 시장실패 대응, 행정관리상 이점, 납세능력의 측정수단 등

- 감면제도 중 가장 큰 규모인 R&D세액공제 등에 대한 점검 필요

○ 또한 개인사업자와 법인과의 세부담차이 등을 감안한 효율적 제도운용 방안을 검토하는 것도 필요

- 개인과 법인이 사실상 동일한 납세자이며 사업체의 형태만 다르다는 점을 감안한 정책적 검토 중요

Ⅱ. 법인세제와 조세지원제도 현황

1. 법인세제 현황

□ 우리나라 법인세제는 3단계 세율체계로 최고세율은 2009년 이후 22%(지방세 포함 24.2%)

○ 최고세율 22%(24.2%)는 OECD국가 평균 23.4%(25.3%)보다 조금 낮은 수준

○ 최고세율 인하 이후에는 최저한세의 인상을 통해 세수감소 규모 축소

- 향후 기업소득환류세제, 비과세․감면 축소의 영향도 예상됨

<표 1> 법인세율 변화(귀속소득 기준)

(단위 %)

과표구간	2008년	2009년	2010~2012년	2013년 ~
~ 2억원	11	11	10	10
2억 ~ 200억원	25	22	22	20
200억원 초과	25	22	22	22
최고 최저한세율	15	13	14(‘10~’11) 16(‘12)	17

<법인세 최저한세율 연혁>

- 2013~2015: 17%(100억~1000억 12%, 100억 이하 10%, 중소기업 7%)

- 2012     : 16%(100억~1000억 12%, 100억 이하 10%, 중소기업 7%)

- 2010~2011: 14%(100억~1000억 11%, 100억 이하 10%, 중소기업 7%)

- 2009     : 13%(1000억 이하 10%, 중소기업 7%)

- 2008     : 15%(1000억 이하 13%, 중소기업 10%)

[그림 ] 2014년 OECD 국가들의 법인세 최고세율 비교

(단위: %)

자료: OECD.stat, 김학수, 「법인세제 정책방향에 대한 제언」, KDI재정포럼발표자료, 2015에서 재인용

□ 법인세수 증가율은 경제성장률 하락과 함께 지속적인 하향세를 보임

○ 2013년 이후 2년 연속 음(-)의 법인세수 증가율을 보임

[그림 ] 법인세수 추이

(단위: 십억원, %)

자료: 김학수, 「법인세제 정책방향에 대한 제언」, KDI재정포럼발표자료, 2015

□ 최근 법인세율 변경에도 불구하고 법인세수(GDP대비 비중)는 큰 변화를 보이지 않음

○ 법인세수(GDP대비 비중)는 법인세율 인하 이전인 2006~2008 3개년 평균 3.67%에서 2011~2013년 평균 3.60%로 큰 변화 없음

- 2009~2010년은 세계적 경제위기 기간이라 제외

○ OECD 국가 평균 세수에 비해서도 빠르게 이전 수준 회복

<표 2> 법인세수의 변화

	2006	2007	2008	2009	2010	2011	2012	2013
법인세수 (GDP대비 비중, %)	3.4	3.7	3.9	3.4	3.2	3.7	3.7	3.4
	평균 3.67					평균 3.60
OECD 평균 (GDP대비 비중, %)	3.7	3.7	3.4	2.7	2.8	2.9	2.9	n.a
	평균 3.60					평균 2.90

□ 법인세수의 변화추세는 과거 OECD국가 평균수준에 미치지 못하다가 2000년대 중반 이후 OECD국가 평균을 초과

○ 구체적으로 2008년 세계적 경제위기 이후 법인세수의 감소폭이 상대적으로 낮게 나타난 것이 그 원인

○ 상대적으로 높은 법인세수 비중은 향후 국가간 조세경쟁에 의해 법인세수가 낮아질 가능성도 높음을 의미

- 이에 따라 세수 변동성이 높아질 가능성도 큼

○ 넓은 과세기반의 형성이 더욱 중요한 정책과제로 대두

[그림 3] 법인세수의 국제비교

자료: Byung Mok Jeon, “Reform of corporate income taxation,” Presentation in KDI-WB Seminar, 2015.

□ 법인세의 공제․감면세액 규모는 2006년 5.4조원에서 꾸준히 증가하여 2012년 9.5조원에 달하였으며 2013년에는 9.3조원 규모 유지(『국세통계연보』각 연도)

○ 법인세 총 부담세액 대비 공제․감면세액 비중도 비슷한 추세를 보여주는데 2010년 이후 25% 수준

○ 새 정부 출범 이후 진행된 감면제도에 대한 적극적 관리 등의 영향 가능성

□ 자산규모별 공제감면액 비율은 대체적으로 역-U자형 구조를 보이나 가장 자산규모가 큰 5천억원 초과 법인의 공제감면액 비율이 27.2%로 가장 높아 대기업 집중현상을 확인

○ 이는 각종 공제감면제도를 통해 장려하는 R&D 투자, 시설투자 등이 대기업을 중심으로 많이 이루어지기 때문

[그림 4] 법인세 공제감면 규모 변화

주: 공제감면액 비율 = (공제감면세액/총부담세액)×100

자료: 국세청, 『국세통계연보』, 2010, 2014.

[그림 5] 법인 자산규모별 공제감면액 비율(2013)

(단위: %)

자료: 국세청, 『국세통계연보』, 2014.

2. 조세지원제도 현황

□ 기업관련 비과세․감면제도의 운용은 정부 개입의 필요성을 감안하여 효과적으로 활용되고 있는지에 대한 점검이 중요

□ 조세감면제도는 대부분 ① 시장실패를 치유하는 수단으로서 적절히 기능하여 경제적 효율성을 제고하거나 ② 경제적 약자에 대한 소득지원 기능을 통해 형평성을 높이는 긍정적 효과를 목표로 운영

○ 특히 직접적 예산지원에 비해 정부의 시장개입 수준이 낮아 민간과의 적절한 역할분담을 통해 효율성을 높일 수 있는 지원방식

- 조세지원은 해당 경제활동에 대한 부분적 정부보조를 의미하므로 민간부문과의 비용분담을 통해 목표 활동 활성화를 꾀하는 제도

○ 그러나 시장실패에 대한 대응이 확대되어 특정 경제활동 활성화 목적도 많이 존재

- 임시․고용창출투자세액공제, 전자신고에 대한 세액공제, 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제, 기부금 소득공제 또는 손금산입 등

□ 조세감면제도는 다음의 경우 그 당위성이 높아지게 됨(OECD, 2010)

① 행정관리상 규모 및 범위의 경제를 달성할 수 있을 때

- 별도의 지출프로그램을 구성하여 관리하고 급여를 지급하는 것보다 기존의 조세운영시스템을 활용함으로써 비용 효율적일 수 있음

- 납세신고시의 정보 등을 다른 용도로 활용도 가능

② 제도남용 가능성이 작을 때

- 지출프로그램은 개인의 신청과 담당 관청의 확인을 통해 지불되는데, 제도 운영에 필요한 정보가 납세신고 내용과 중복되거나 확인을 위한 다른 상세정보가 필요하지 않을 경우에는 납세신고에 기반한 제도 운영이 비용 효율적

- 고용주 등 제3자를 통해 정보확인이 가능한 경우 이를 기반으로 한 조세감면제도 운영은 비용 효율적

· 예: 고용주 지원 교육비, 보험료, 원천징수 지방세 등

③ 다양한 납세자 선택권이 존재하지만 이를 모두 고려할 필요가 없을 때

- 연금저축, 의료보험 등 정부가 요구하는 필요조건을 만족하는 다양한 상품이 존재하지만, 정부지원 적격 여부로만 판단해도 될 경우

④ 납세능력의 측정수단으로 기능할 때

- 납세능력의 측정수단으로 소득을 정의하는 과정에서 비과세, 공제제도 등을 활용가능

- 이 경우 그 공제들은 조세지출로 포함되지 않을 수 있음

· 예: 근로소득공제 등

□ 국세감면의 수혜자별 분포를 살펴보면 기업이 전체의 1/3 정도를 수혜

○ 2014년 잠정기준 총 국세감면액 33.0조원 중 기업부문 수혜액은 10.9조원에 이르는데 소폭 하락하는 추세

○ 기업 중에서도 중소기업의 수혜비중이 54% 이상으로 예상되며 그 비중이 급속하게 증가하는 추세

<표 3> 국세감면의 수혜대상별 분포

(단위: 조원, %)

구 분		2013년 (실적)		2014년 (잠정)		2015년 (전망)
			비중		비중		비중
개인	◦ 서민․중산층	13.2	61.4	13.1	61.4	13.5	61.7
	◦ 고소득층	8.3	38.6	8.2	38.6	8.4	38.3
	계	21.5	100.0	21.3	100.0	21.8	100.0
기업	◦ 중소기업	5.7	50.4	5.9	54.1	5.9	56.4
	◦ 중견기업	0.1	0.8	0.3	2.4	0.2	2.4
	◦ 상호출자제한기업	3.2	28.0	2.8	25.8	2.5	24.1
	◦ 일반기업	2.4	20.9	1.9	17.7	1.8	17.5
	계	11.4	100.0	10.9	100.0	10.5	100.0
구분곤란		1.0		0.7		0.7
총 계		33.8		33.0		33.1
주: 서민․중산층은 소득(근로소득 혹은 종합소득)금액 5,700만원 이하인 계층이며, 구분곤란 항목은 외국인투자 관련 항목, 귀착이 불분명한 양도세 및 간접세 등 자료: 기획재정부, 「2015년도 조세지출 기본계획(안)」, 2015. 3

□ 법인세 부문의 감면내역은 크게 세액공제(Tax Credit)와 세액감면(Exemption)으로 구분

○ 본질적으로 공제와 감면의 차이는 없으나 방법적으로 세액공제는 별도의 기준과 과정을 거쳐 산출된 특정 금액을 공제하는 방식이며 감면은 전체 세액의 일부 또는 전부를 공제하는 방식

- 예: 투자금액의 5% v.s 3년간 법인세 100% 감면

○ 국세감면액의 84.8%가 세액공제 방식으로 제공되었으며 15.2%가 감면방식으로 적용

- 중소기업의 경우 감면방식의 비중이 전체의 39.4%로 높은 비중 차지

<표 4> 법인세 세액공제 및 감면의 구성(2013)

(단위: %)

	중소기업		일반기업		합계
	개수	금액	개수	금액	개수	금액
세액공제	18.3	60.6	95.6	92.1	22.0	84.8
세액감면	81.7	39.4	4.4	7.9	78.0	15.2
합계 (천개, 조원)	100.0 (185.4)	100.0 (2.1)	100.0 (9.6)	100.0 (7.2)	100.0 (195)	100.0 (9.3)

자료: 국세청, 『국세통계연보』, 2014

□ 전반적으로 세액공제는 투자․고용 등 세부적 경제행위와 연계된 제도라면 세액감면은 특정지구 또는 지역 입주, 외국인 투자, 중소기업, 창업기업, 영농․영어법인 등 보다 포괄적인 자격요건에 의존

□ 노동에 비해 높은 이동성을 보이는 자본에 대한 조세지원은 보다 세밀한 분석을 통해 효과성을 높일 필요

○ 투자 등 특정 경제행위와 연계된 조세지출은 그 목적성을 잘 달성할 수 있는지 점검할 필요

○ 자본 관련 조세지원제도 중 가장 규모가 큰 연구인력개발비 세액공제 역시 민간 R&D활동의 위험분산을 지원하여 R&D투자 증대 목적을 달성할 수 있도록 지속적으로 합리화 해나가야 함

<표 5> 주요 조세지출 항목

(단위: 억원, %)

	2013		2014		2015
1	연구인력개발비 세액공제	28,850	연구인력개발비 세액공제	28,013	연구인력개발비 세액공제	30,561
2	농수산물의제매입	22,490	보험료특별공제	23,580	농수산물의제매입	21,896
3	보험료특별공제	21,569	농수산물의제매입	20,941	보험료특별공제	19,917
4	임시․고용창출투자세액	17,727	신용카드소득공제	15,485	근로장려금․자녀 장려금	19,303
5	농림어업면세유	15,065	국민연금보험료공제	14,468	신용카드소득공제	15,727
6	신용카드소득공제	13,720	중소기업특별세액감면	13,828	농림어업면세유	14,299
7	신용카드사용자부가세공제	13,667	농림어업면세유	13,754	농축림어업기자재부가세영세율	13,757
8	국민연금보험료공제	13,632	농축림어업기자재부가세영세율	13,462	중소기업특별세액감면	13,692
9	농축림어업기자재부가세영세율	13,155	신용카드사용자부가세공제	12,937	신용카드사용자부가세공제	13,527
10	자경농지양도세감면	12,757	임시고용창출투자세액공제	11,699	국민연금보험료공제	12,425
11	중소기업특별세액감면	12,640	교육비특별공제	10,318	건보사용자부담금비과세	10,727
12	교육비특별공제	10,393	개인기부금특별공제	9,709	법인기부금손금산입	9,771
13	법인기부금손금산입	9,861	건보사용자부담금비과세	9,401	교육비특별공제	9,751
14	개인기부금특별공제	9,447	법인기부금손금산입	9,369	임시고용창출투자세액공제	9,167
15	연금저축소득공제	8,998	자경농지양도세감면	9,266	조합등출자금과세특례	9,105
16	조합출자금과세특례	8,934	조합출자금과세특례	9,202	개인기부금특별공제	8,684
17	건보사용자부담금비과세	8,648	연금저축소득공제	9,108	연금저축소득공제	8,103
18	의료비특별공제	6,567	근로장려금	7,751	자경농지양도세감면	8,085
19	재활용폐자원매입세액공제특례	6,494	의료비특별공제	6,920	재활용폐자원매입세액공제특례	6,406
20	근로장려금	5,617	재활용폐자원 매입세액공제특례	6,764	의료비특별공제	6,025
	합계	260,231	합계	255,975	합계	260,928
	전체 대비 비중	76.9	전체 대비 비중	77.6	전체 대비 비중	78.8

자료: 대한민국정부, 『2015년도 조세지출예산서』, 2014

□ 가장 큰 조세지출 항목인 R&D세액공제의 경우 수혜법인의 분포는 역-U자형을 유지하고 있으나 수혜금액의 61%는 수입금액 5천억원 이상의 법인이 차지

○ 이는 앞서 살펴본 전체적인 공제․감면액의 자산규모별 분포보다 더욱 더 편중된 결과

○ R&D 활동의 필요성이 법인규모가 커질수록, 국제시장 경쟁 필요성이 높아질수록 더 커지기 때문

Ⅲ. 제도 합리화 방안

1. 연구인력개발비 세액공제

가. 현황 및 문제점

□ 연구인력개발비 세액공제제도는 R&D 활동을 촉진하기 위해 연구소 직원 인건비와 연구용 물품비, 훈련비 등에 대해 세액공제를 통해 R&D활동의 위험을 국가와 분담하는 제도

○ 제도의 효율성을 높이기 위해서는 동 제도 역시 R&D 활동 또는 성과와의 연계성을 높이는 방향으로 조정될 필요

<표 6> 연구인력개발비 세액공제제도

구 분	내 용	세부내용
대 상	연구개발비	연구소 직원 인건비, 연구용 물품비 등
	인력개발비	위탁훈련비, 직업능력개발훈련비 등
공제율	당기분 또는 증가분 중 선택	(①당기분) 당해연도 지출액 × 25%(중견 8~15%, 대기업 2~3%) (②증가분) 증가분* × 50%(대기업40%) * 당해연도 지출액 – 직전연도 지출액

자료: 법제처, 국가법령정보센터

□ 현재 당기분과 증가분 중에서 선택하는 방식으로 운영되나 실제 R&D활동변화를 반영하지 못하는 공제율 설정으로 쏠림현상 발생

○ 대기업의 경우 당기분 방식을 선택하면 그 금액의 2~3%를 공제하나 증가분 방식의 경우 증가분의 40%를 공제하여 상당한 격차 발생

- 이러한 구조로 인해 대기업의 경우 R&D투자액이 5.3%만 증가해도 증가분 방식이 유리한데 최근 투자추이와 비교할 때 너무 낮은 수준

[eqn: LEFT ( 1+GR _{t} RIGHT ) TIMES 0.02`=`GR _{t} TIMES 0.4]로부터 도출

· 최근 3년간 대기업 R&D 평균증가율: 13.9%

○ R&D투자 증가를 위해 증가분에 인센티브를 주는 것이 바람직할 수 있으나 실제 법인의 투자수요 등을 감안하여 이를 초과하는 경우에 주는 것이 더 효과적이며 그 격차 역시 크지 않아야 함

- 사회적 외부성을 반영하기 위해 R&D투자에 조세지원을 하는 것이라면 당기분과 증가분을 차별할 본질적 근거는 없기 때문

○ 세액공제 방식 간 격차를 축소할 필요

□ 동시에 R&D활동의 질적 개선 필요성도 높음

○ R&D에 대한 재정지원뿐만 아니라 R&D 세제지원도 세계 최고 수준인 만큼 양적 확대보다 질적 개선이 필요한 시점

- R&D 분야 조세지원 비율은 GDP 대비 0.20%로 OECD국가 중 3위
(OECD Science, Technology and Industry Scoreboard 2013)

· 기업 분야 조세지출 10.5조원 중 R&D 분야 조세지출은 3.5조원
(2015년 조세지출예산서)

- R&D분야 재정지출 규모는 GDP 대비 3.7%(2011) 수준으로 OECD 국가중 3위(OECD.stat)

· 핀란드, 이스라엘만 우리나라 수준을 상회

○ 연구개발과 직접관련성이 높은 분야로 지원범위를 조정할 필요

나. 개선방향

□ 당기분 방식과 증가분 방식의 균형을 위해 증가분 방식 공제율을 하향조정

○ 이를 통해 공제방식 간 균형 R&D투자 증가율 5.3%를 실제 투자 수준을 반영하여 조금 더 높은 수준으로 조정

- 일정 수준 이상 R&D 투자를 늘린 기업만 높은 공제율이 적용되는 증가분 방식을 선택할 수 있도록 제도를 개선하여 증가분 방식의 R&D 투자 유인으로서의 기능 강화

○ R&D 세액공제의 대부분을 수혜하고 있는 대기업에 적용

- 중견기업과 중소기업은 현행 유지

□ R&D 투자 목적에 부합하도록 인건비 세액공제 대상을 연구전담요원으로 한정

○ R&D 활동의 중심인 핵심 연구인력 양성 지원에 집중

- 전문분야 학위 및 경력 등 일정 요건을 갖춘 경우에만 인정되는 연구전담요원과는 달리 연구보조원과 연구관리직원은 별다른 인정요건이 없고 연구개발과 관련성도 한정적이므로 세액공제 대상에서 제외하여 연구전담요원 지원에 보다 집중

○ 연구전담요원으로 한정된(2013 세법개정) 위탁훈련비 세액공제과도 일관성 유지

2. 연구인력개발 설비투자 세액공제

가. 현황 및 문제점

□ 연구인력개발 설비투자 세액공제는 연구활동 과정상 필요한 연구시험용 시설, 직업훈련용 시설, 신기술사업화 시설 등에 대한 비용지원을 목적으로 운영되는 제도로 2015년말 일몰예정

○ 설비투자에 대한 세액공제제도와 마찬가지로 사회적 외부성이 존재하는 R&D 분야 설비투자 촉진을 위해 운영

○ 사회적 외부성이 있는 다른 설비투자(에너지절약시설 투자, 환경보전시설 투자, 안전설비 투자 등)와 같이 지원의 필요성 있음

<표 7> 연구인력개발 설비투자 세액공제제도

구 분	내 용	세부내용
대 상	연구시험용 시설	연구개발 목적으로 사용하는 공구, 시험기기 등
	직업훈련용 시설	직업훈련 목적으로 사용하는 공구, 시험기기 등
	신기술사업화 설비	특허 등 기술성과를 처음으로 기업화한 것
공제율	대기업 3%, 중견기업 5%, 중소기업 10%

자료: 법제처, 국가법령정보센터

□ 그러나 이미 연구인력개발비로 상당한 지원이 이루어지고 있다는 점에서 중복적 지원 성격도 존재

○ 직접적인 연구활동과의 연계성도 연구인력개발비보다 낮은 수준이므로 보조적인 역할이 바람직

□ 미국, 영국, 프랑스 등 주요 국가들의 경우 우리나라의 R&D 설비투자 세액공제와 같은 형태의 지원 제도는 존재하지 않음

○ 특히, 미국의 경우 감가상각자산에 대한 R&D 투자는 R&D 지원정책에서 제외됨

□ R&D를 통해 추구하는 혁신 역시 인력에 기반하므로 이에 맞게 조정할 필요

○ 우리나라의 R&D 분야도 과거 범용 생산기술의 개선 등에서 벗어나 새로운 기술의 개발, 즉 고급인력 양성을 통한 혁신형 전략으로 변화하고 있으므로 이를 반영할 필요

○ 또한 다양한 R&D활동 중 대규모 자금투자가 필요한 설비를 필요로 하는 R&D 분야로의 편향을 야기할 수도 있음

- 주로 지원혜택이 자금여력 충분한 기업에 집중되어 추가적인 투자 유발효과는 제한적일 수 있음

나. 개선방향

□ 혁신 패러다임의 전환, 제한적인 R&D 유발효과 등을 감안하여 공제율을 소폭 하향조정하는 방안을 검토할 필요

○ 기업경쟁력 유지 및 급격한 세부담 완화를 위해 적용기한은 연장하는 것이 바람직

□ 다만, 검토시 기타 투자세액공제 제도와의 정합성 등을 감안하여 신중히 검토할 필요

○ 설비투자에 대한 세액공제 공제율이 일정 부분 통일되어 있는 상황에서 공제율 조정시 투자자산간 자원배분에 왜곡이 발생할 수 있으므로 단계적 조정 필요

3. 이월결손금 공제제도 개선

가. 현황 및 문제점

□ 당해연도에 발생한 결손금(손금 - 익금)은 향후 10년간 소득에서 별도 한도없이 공제 가능

○ 2008년 세법개정으로 이월결손금 공제기간이 5년에서 10년으로 연장

- 2009년 발생 결손금부터 적용되므로 이월결손금 공제기간 연장의 실질적 효과는 2015년에 최초로 발생

○ 결손금 소급공제는 중소기업에 한하여 1년만 허용(1997년 도입)

□ 2013년 흑자법인 소득금액 250.3조원 중 이월결손금으로 공제되는 금액은 15.5조원으로 6.2% 수준

○ 법인세 실효세율 16%를 감안시 이월결손금 공제로 인한 법인세의 세수감소 효과는 2013년 기준 2.5조원 수준

<표 8> 결손금 발생액 및 공제액 추이

(단위: 조원)

신고연도	2009	2010	2011	2012	2013
흑자법인 소득금액	200.6	203.9	258.4	261.7	250.3
이월결손금 공제액	19.7	22.7	25.5	17.1	15.5

자료: 국세청, 『국세통계연보』; 기획재정부 내부자료에서 재인용

□ 2008년 이월결손금 공제한도 연장효과가 2015년(2016년 신고분)부터 적용되어 법인세수 감소요인으로 작용할 전망

○ 대규모 적자를 시현했던 법인이 흑자전환 이후에도 결손금 이월공제를 통하여 동 금액을 소진할 때까지 법인세를 납부하지 않을 수 있음

□ 어려운 재정여건을 감안하여 법인의 이월결손금제도로 인한 세수감소 효과가 짧은 기간에 집중적으로 나타나는 것을 방지하기 위해 이월공제 한도제를 검토할 필요

○ 일본의 경우 세수확보를 위해 대기업에 한해 2012년 이월결손금 공제한도제도를 도입한 이후 적극적으로 역할을 강화하고 있음

- 2012년 흑자법인은 일부라도 법인세를 납부해야 한다는 취지에서 이월결손금 공제한도 도입(소득의 80% 한도)

- 2015년에는 공제한도를 축소(80% → 50%)하여 법인세 세수기반 확대

· (종전) 당해연도 소득의 80% → (2015) 65% → (2017) 50%

- 다만, 이월공제 허용기한은 9→10년으로 연장(2017년 발생분부터 적용)

□ 일본 외에도 결손금의 공제한도를 두고 있는 국가는 독일, 이탈리아 및 프랑스, 미국 등이 있음(기획재정부).

○ 독일의 경우 100만유로까지는 제한이 없으나, 100만유로를 초과하는 결손금에 대해서는 소득금액의 60%까지만 공제

○ 이탈리아의 경우 이월결손금은 각 사업연도 소득금액의 80%까지만 공제 허용

○ 프랑스의 경우 100만유로를 초과하는 이월결손금에 대하여 소득금액의 50%까지만 공제

○ 미국은 일반적인 이월결손금 공제한도는 없으나, 최저한세 계산시 이월공제를 소득의 90%까지만 허용하여 실질적으로  공제한도 운영

나. 개선방향

□ 이월결손금 공제한도를 당해연도 소득금액의 80% 수준으로 설정하여 과세소득이 있는 법인은 일부라도 법인세를 납부하도록 제도 조정

○ 공제의 편중을 방지하여 재정수입의 안정성 유지

□ 중소기업은 공제한도 적용 대상에서 제외

○ 상대적으로 경쟁력이 취약한 중소기업의 경우, 과거 결손에 대한 공제를 이익이 허용하는 범위내에서 100% 허용하여 생존과 성장에 활용하도록 유도

○ 일본의 경우 대기업에 한하여 공제한도를 운영하고 있으며, 독일, 프랑스의 경우도 100만유로까지는 한도 없이 공제가 가능하여 소규모 기업에는 공제한도를 사실상 적용하지 않고 있음

□ 이월결손금 공제한도가 설정되더라도 공제기간이 연장되는 효과가 있어 전체적으로 세부담 증가효과는 제한적임

○ 이월결손금 공제한도제도는 과거 결손금을 한꺼번에 공제하는 효과를 제한하므로 늘어난 공제기간 5년 동안의 수익이 공제한도로 인해 공제하지 못한 결손금보다 크기만 하면 세부담 증가는 없음

- 2009년 발생 결손금의 경우 2015년부터 공제기간 연장효과가 발생하므로 공제받지 못한 이월결손금은 다음 연도로 이월하여 공제 가능

○ 즉, 결손이후 10년기간 동안 수익이 동 결손금의 125%를 초과한 년도가 있으면 세부담 증가는 없음

□ 반면 국가는 법인세입의 변동을 줄일 수 있는 잇점

□ 한편 이월결손금 공제한도 설정으로 기업회생 등 구조조정에 장애가 되지 않도록 공제한도가 적용되지 않는 예외 인정은 필요

예: 법원의 결정에 의한 회생절차를 이행중인 기업

기업구조조정 촉진법상 경영정상화계획을 이행중인 기업 등

4. 법인전환 개인사업자에 대한 성실신고확인제 적용

가. 현황 및 문제점

□ 성실신고확인대상 사업자는 종합소득세 신고시 과세표준신고서 외에 세무사․회계사가 작성한 “성실신고확인서”를 함께 제출하는 제도로, 2011년 최초 도입

○ 사업자의 매출누락 및 비용 측면의 탈세를 모두 확인하되, 가공경비․업무무관경비 등 비용 측면의 탈세 방지에 역점

□ 해당 신고 과세기간 수입금액(복식부기 기준금액의 10배 수준)이 일정 수준 이상인 사업자에 대해 적용

<표 9> 성실신고확인제도 적용현황

(단위: 명)

전체	광업, 도소매업1)	제조업, 숙박음식점업2)	부동산업, 서비스업3)
2011~2013	30억원 이상	15억원 이상	7.5억원 이상
2014*	20억원 이상	10억원 이상	5억원 이상

주:  * 2013.6월 시행령 개정(2014.1.1이후 귀속분부터 적용)

1) 농림어업, 광업, 도소매업, 부동산매매업

2) 제조업, 숙박 및 음식점업, 전기가스수도업, 하수폐기물처리업, 건설업, 운수업, 출판방송통신업, 금융보험업

3) 부동산임대업, 과학및기술서비스업, 사업지원서비스업, 교육서비스업, 보건업및사회복지서비스업, 예술스포츠여가서비스업, 기타개인서비스업

자료: 기획재정부

□ 추가적인 부담을 지는 성실신고확인대상 사업자에 대해 인센티브도 제공

○ 신고기간 연장(5월말 → 6월말)

○ 성실사업자 수준으로 교육비․의료비 공제 허용

○ 확인비용의 일정비율(60%) 세액공제(연간 100만원 한도)

□ “성실신고확인서”를 제출하지 않은 경우에는 가산세(산출세액의 5%)를 부과하고, 세무조사 사유에 추가

○ 세무사 등이 제대로 확인하지 못한 경우 징계

□ 성실신고확인제 도입 이전(2010년), 수입금액 10억원 이상자의 소득률(=과세표준/총수입금액)은 7.7%로 외부조정대상자와 유사한 수준이었으나,

○ 성실신고확인제 도입 이후 확인대상자의 소득률은 이전보다 증가(2010년 7.7% → 2013년 9.4%)하였으며, 외부조정대상자보다 상회

- 전반적인 과세투명성 향상으로 성실신고확인제가 적용되지 않는 외부조정대상자 소득률도 증가(2010년 7.7% → 2013년 8.4%)

<표 10> 성실신고확인 대상자의 소득률 변화

(단위: 천명, %)

		2010	2011	2012	2013
외부조정대상자	인원	874	890	974	1,024
	소득률	7.7	7.7	8.0	8.4
성실신고확인대상자	인원	136*	70	65	68
	소득률	7.7*	8.5	8.9	9.4

주: * 2010년의 경우 성실신고확인제 시행 이전이므로 수입금액 10억원 이상자에 대해 계산

자료: 국세청, 『국세통계연보』, 2014; 기획재정부

□ 한편, 성실신고확인제 적용대상자 수는 2011년 70천명에서 2012년 65천명, 2013년 68천명으로 정체 상태

○ 같은 기간 외부조정대상자가 꾸준히 증가하고 있는 것과는 대조적

□ 같은 기간 개인사업자의 법인 전환에 따른 양도소득세 이월과세를 적용받은 규모는 증가하여 세부담 회피를 위한 사업형태 전환의 가능성 존재

○ 법인전환 등에 따른 양도소득세 이월과세 감면액 추이(연도별 조세지출예산서) : (2010) 55억 → (2014) 269억(잠정), (2015) 333억원(전망)

○ 법인의 경우, 개인사업자보다 등기 등의 측면에서 부담을 지고 있으나 소규모법인의 세원 투명성이 비슷한 규모의 개인사업자보다 높다는 근거는 없음

□ 비슷한 규모의 개인사업자와 법인 중 개인사업자에게만 성실신고확인제를 시행함으로써 세부담 회피 목적의 사업형태 전환 가능성 존재

○ 사업형태 결정을 왜곡하므로 개선될 필요

○ 현재 과표누락 등 소득파악률 차이를 무시하면 대부분의 소득구간에서 법인 설립이 세부담 측면에서 소폭 유리한 상황에서 성실신고확인제는 법인 활동의 유리함을 더 증대시킴

[그림 6] 소득형태/소득수준에 따른 세부담률(사회보험료 포함)

(단위: %)

주: 사회보험료에는 건강보험, 국민연금보험, 고용보험이 포함되어 있으며 가로축의 소득금액은 개인사업의 경우 총 소득금액, 법인은 법인세전 이익과 고용비용(즉, 임금과 사회보장기여금의 고용주 부담분)의 합

자료: 전병목, 『개인소득세와 법인소득세간 세원이동성에 관한 연구』, 한국조세재정연구원, 2013.

나. 개선방향

□ 세원투명성과 사업체 형태결정의 중립성을 위해 개인사업자에 적용되는 성실신고확인제도를 비슷한 규모의 법인에 대하여 확대 적용하는 방안 검토할 필요

○ 우선적으로 개인사업자에서 전환한 법인에 대해 적용

○ 성실신고확인제 적용대상 수입금액 기준, 인센티브, 제재 등은 소득세법상 개인사업자에 적용되는 기준을 준용

□ 다만, 기존 법인들과의 형평성을 고려하여 전환 이후 일정 기간(예: 3년)에 한하여 적용하고 종료하는 것이 바람직

○ 또한, 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」상 외부감사를 받는 법인의 경우는 중복 부담이 되지 않도록 제외할 필요

□ 추진시 형평성과 실효성의 문제를 야기할 수 있으므로 이를 고려하여 추진할 필요

○ 성실신고확인제로 상대적으로 회계가 투명한 법인화를 유도하는 취지가 있으므로, 전환 법인에도 계속 적용하는 것은 제도 취지와 배치

○ 법인의 경우는 개인과 달리 과세 투명성을 제고하기 위해 일정규모 이하 소규모 법인들부터 우선 시행하는 것이 도입 취지에 부합

○ 처음부터 법인을 설립한 경우에는 성실신고확인제 대상이 아니므로 전환법인과의 형평성 문제 발생

○ 현실적으로 법인전환시 주소지 또는 대표자 변경, 일부 사업장만 전환 등 회피수단을 차단하기 어려우므로 실효성 저하의 우려 존재

□ 2015년부터 법인세 신고시 제출받고 있는 “지출증빙서류 수취명세서”의 작성 및 제출이 정착될 경우 성실신고확인제와 유사한 효과를 거둘 수 있으므로 성실신고확인제 법인 확대는 단기적․보완적으로 활용될 필요

참고문헌

국세청,『국세통계연보』, 각 연도

기획재정부,「2015년도 조세지출 기본계획(안)」, 2015. 3.

김학수,「법인세제 정책방향에 대한 제언」, KDI재정포럼발표자료, 2015.

대한민국정부,「2015년도 조세지출예산서」, 2014.

전병목,『개인소득세와 법인소득세간 세원이동성에 관한 연구』, 한국조세재정연구원, 2013.

Byung Mok Jeon, “Reform of corporate income taxation,” Presentation in KDI-WB Seminar, 2015.

법제처, 국가법령정보센터(http://www.law.go.kr/main.html)

OECD(oecd.stat)